Religia, miasto, królestwo
Rywalizacja skupionych w Kopenhadze ośrodków władzy kościelnej i świeckiej, czyli biskupów Roskilde i królów Danii zakończyła się faktycznie z nadejściem reformacji, która pozostawiła miasto w rękach królewskich. Kopenhaga liczyła wtedy około 10 000 mieszkańców i była ważnym ośrodkiem gospodarczym, handlowym i kulturalnym. Posiadała katedrę, kilka kościołów, zamek królewski i uniwersytet. Usytuowana w samym centrum Danii stała się faktycznym ośrodkiem władzy. Panowanie króla Christiana IV, mającego ambicje podnoszenia rangi swojej stolicy pod wszelkimi względami, przyniosło znaczącą rozbudowę miasta. Wtedy właśnie powstała słynna, ufortyfikowana portowa dzielnica Christianshavn, zbudowano zamek Rosenborg, kościół św. Trójcy, budynek Giełdy, dzielnicę Nyboder, które obecnie stanowią wizytówkę miasta i niewątpliwą atrakcje turystyczną. systematycznie wzrastała również liczba mieszkańców, sięgając na progu osiemnastego stulecia około 60 tysięcy. Nieodłącznym elementem historii Danii, a więc również Kopenhagi były powtarzające się spory i konflikty zbrojne ze Szwecją. Bardzo przydatne okazały się wówczas fortyfikacje, dzięki którym Szwedzi nie zdobyli obleganej w latach 1658-60 stolicy królestwa. Skutkiem tych nieustających wojen była utrata Skanii, co spowodowało, że Kopenhaga znalazła się na skraju królestwa, wymagała więc kolejnych umocnień i fortyfikacji. Powstała wtedy twierdza Kastellet, oddalona na północ od centrum miasta.